吐鲁番"之称，最早见于明人陈诚所著《西域番国志》一书。吐鲁番，维吾尔语意为富庶丰饶的地方。据《西域同文志》：系回语"蓄水"之意。商务印书馆出版的《通名大辞典》释为维吾尔语，意为"都会"。 　
　　古称"姑师"（《史记·大宛传》），是古丝绸之路上的重镇。西汉时期是东师前王庭地。《汉书·西域传》称：车师前国王治交河。西汉元帝元年（公元前48年）设置戊已二校尉屯田。东汉和帝三年（公元前91年）戊已校尉驻地由交河城迁驻高昌。晋置高昌郡，北魏属"蠕蠕"（亦称"芮芮"或"茹茹"），称高昌国。唐设安西都护府治，称西州。唐末吐蕃军队进入西域，开始了与唐长年的西域争夺，吐鲁番被吐蕃占领。宋号称辉和尔，即畏吾儿。元设畏吾尔都护。元末明初分设柳城（今鄯善县的鲁克沁）、火州、吐鲁番三部，皆设万户府"达鲁花赤"（即长官）。清朝乾隆四十四年（公元1779年）设吐鲁番领队大臣，始筑广安城（今老城）。光绪12年（1886年）置吐鲁番直隶厅，隶属迪化府，辖今吐鲁番、鄯善、托克逊三县范围，治所在吐鲁番。民国2年（1913年）直隶厅改为吐鲁番县。1984年12月撤县设市。